Bioinformatika, sebuah aplikasi ilmiah di Android

By on September 13, 2013
2. bioinfoermatika,sebuah aplikasi ilmiah di Android3

Dengan adanya aplikasi-aplikasi seperti google drive, dropbox, dan skydrive sangat mendukung system komputasi awan (cloud) karena aplikasi ini mempermudah pengolahan data dan dapat dipergunakan untuk melakukan penyimpanan hasil pengolahan data biologis, sehingga bisa dianalisa dimana saja karena tidak terpaku pada data yang disimpan di dalam laptop kita.

Tools bioinformatika ini adalah aplikasi yang dapat diunggah melalui gadget berbasis Android, sehingga selama tersedia akses untuk terhubung dengan komputasi awan, maka proses komputasi dapat dilakukan dimana dengan lebih mudah.

Perkembangan tools Bioinformatika

Sebelum era ponsel pintar, analisa bioinformatika hanya dapat dilakukan melalui computer PC. Tapi,  saat ini, sebuah analisa yang sederhana dapat dilakukan melalui  ponsel pintar/tablet berbasis Android.

Sistem operasi Android dipilih karena sifatnya yang open source, sehingga hanya memerlukan biaya yang relative kecil untuk mengaksesnya dan dalam pengembangan aplikasi ilmiah semacam ini.

Hanya saja, ketika mengakses aplikasi ini, aplikasi bioinformatika ini baru bisa beroperasi di dalam sistem yang lebih sederhana di ponsel. Jika data yang dipakai dalam ukuran besar yang kemudian ditambah memerlukan komputasi yang rumit, maka platform ponsel yang lebih kecil  belum dapat melakukan analisis terhadap data yang dikehendaki.

Lebih direkomendasikan untuk membuka aplikasi ini melalui tablet karena faktor display yang lebih besar,  dan  Amazon saat ini telah menginstall engine Genome Browser melalui cloud miliknya, sehingga ke depannya, aplikasi ‘on the go’ ini bisa menjadi front end untuk mengirim data ke sistem cloud bioinformatika.

Melihat aplikasi Bioinformatika di Android

Ada banyak aplikasi bioinformatika di Google Play. Tapi dari sekian banyak itu, hanya beberapa aplikasi saja yang mudah  untuk digunakan dan kemampuannya hampir mirip versi desktopnya, tentu saja jika data yang dikomputasi jumlahnya tidak banyak.

Pertama adalah Aplikasi BAK4BIO, yang di desain untuk mengakses database bioinformatika. Yaitu antara lain NCBI, DDBK, KEGG, EBI, dan PDBJ. Dengan BAK4BIO ini dapat dilakukan pengintegrasian manajemen data terhadap data genomik, proteomik, dan metabolomik.

Kemudian aplikasi DNA Alignment, berguna untuk melakukan pairwise sequence alignment, atau pensejajaran urutan DNA. Tetapi, sekali lagi, dengan keterbatasan fitur di gadget, hanya pada dua sekuens saja, bisa dilakukan pensejajaran.

Aplikasi DPSAT, aplikasi unik, dengan fitur antara lain  fitur ‘translate’, berguna untuk memberikan produk protein dari data nukleotida yang diberikan; fitur ‘nucleotide sequence properties’,  berguna  menginformasikan konten GC dan AT, serta panjang urutan basa; kemudian fitur ‘Protein Biophysical Properties’, yang mempunyai manfaat untuk menghitung properti urutan protein dengan metode ProtParam.

Yang juga menariknya adalah aplikasi MENTHA, dimana bisa digunakan untuk mengkaji interaksi protein-protein pada beberapa organisme. Dan juga, aplikasi SimAlign dan SimGene yang dapat dipakai untuk melakukan pensejajaran sekuens dan browsing gen.

Gadget sebagai media riset Bioinformatika

Walaupun bioinformatika sudah hadir di gadget pintar, akan tetapi karena keterbatasan platform pada android, tetapi karena sebuah riset menghasilkan data yang besar, maka sampai saat ini komputasi terhadap sebuah riset yang sifatnya hard core tidak bisa diselesaikan melalui sebuah gadget.

Tapi masih bisa untuk dilakukan sebuah uji pendahuluan melalui gadget Android, yang di sisi lain membuktikan bahwa demand end user untuk aplikasi ilmiah di dalam gadget pintar sudah muncul.

 bioinformatika,sebuah aplikasi ilmiah di Android

About

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *